Ένα από τα σημαντικότερα κέντρα του Αιγαίου στα προϊστορικά χρόνια. Οι πρώτες εγκαταστάσεις στο Ακρωτήρι χρονολογούνται από την Ύστερη Νεολιθική Εποχή (τουλάχιστον από την 4η χιλιετία π.Χ.). Κατά την Πρώιμη Εποχή του Χαλκού (3η χιλιετία π.Χ.) υπήρχε οικισμός στο Ακρωτήρι. Κατά τη Μέση και την Πρώιμη Ύστερη Εποχή του Χαλκού (20ος-17ος αιώνας π.Χ.) ο οικισμός αυτός επεκτάθηκε και αναδείχθηκε σε ένα από τα σημαντικότερα αστικά κέντρα και λιμάνια του Αιγαίου.

Η μεγάλη του έκταση (περίπου 200 στρέμματα), η άριστη πολεοδομική του οργάνωση, το αποχετευτικό του δίκτυο, τα περίτεχνα πολυόροφα κτήρια του με τον έξοχο τοιχογραφικό διάκοσμο, την πλούσια επίπλωση και οικοσκευή μαρτυρούν για τη μεγάλη του ανάπτυξη.

Τα ποικίλα εισηγμένα προϊόντα που βρέθηκαν μέσα στα κτήρια δείχνουν πόσο ευρύ ήταν το πλέγμα των εξωτερικών σχέσεων του Ακρωτηρίου. Διατηρούσε στενές σχέσεις με τη Μινωική Κρήτη αλλά βρισκόταν σε επικοινωνία και με την Ηπειρωτική Ελλάδα, τη Δωδεκάνησο, την Κύπρο, τη Συρία και την Αίγυπτο. 

Η ζωή στην πόλη τελείωσε απότομα το τελευταίο τέταρτο του 17ου π.Χ. αιώνα, όταν οι κάτοικοί της αποφάσισαν να την εγκαταλείψουν εξαιτίας ισχυρών σεισμών. Η έκρηξη του ηφαιστείου ακολούθησε. Τα ηφαιστειακά υλικά που κάλυψαν την πόλη και ολόκληρο το νησί προστάτευσαν ως σήμερα τα κτήρια και το περιεχόμενό τους, όπως έγινε και στην Πομπηία.

Στοιχεία για την κατοίκηση του Ακρωτηρίου της Θήρας κατά την προϊστορική εποχή άρχισαν να έρχονται στο φως από το δεύτερο ήμισυ του 19ου αιώνα. Οι συστηματικές όμως ανασκαφές άρχισαν εκεί το 1967 από τον καθηγητή Σπυρίδωνα Μαρινάτο υπό την αιγίδα της εν Αθήναις Αρχαιολογικής Εταιρείας. Ο Μαρινάτος αποφάσισε να ανασκάψει στο Ακρωτήρι ελπίζοντας ότι θα επαληθεύσει μια παλιά του θεωρία που είχε δημοσιεύσει από τη δεκαετία του '30, ότι η έκρηξη του ηφαιστείου της Θήρας προκάλεσε την κατάρρευση του πολιτισμού της Μινωικής Κρήτης. Μετά το θάνατο του Μαρινάτου, στα 1974, η ανασκαφή συνεχίζεται υπό την διεύθυνση του καθηγητή Χρίστου Ντούμα.